一天前，贝罗第一次使用了贤者之石后，直接昏死过去。艾利只对李维说了句“李维，加入我，我给你目标！”之后，李维就心甘情愿的带着贝罗和艾利在太阳完全淹没在大地下的时候离开了希尔城。在逐渐远离希尔城往北方前进的路上，艾利向李维解说了自己的目的和贤者之石的真相。
最早的关于贤者之石的记载是在最早的神教教堂里的壁画上。占据壁画七成身披七彩衣的神捂着胸口面露悲伤，角落里一个只有腰间围着褐色兽皮的人举着一颗红色的石头对着神。壁画下有经文，神说：“义人才有资格拥有之物被罪人玷污，世界将成地狱。”之后的壁画上原本手拿红色石头的人把石头放入一个盒子，然后跪在祭坛前忏悔，下方的经文是，悔过的该隐成为贤者。贤者之石的名字由此而来，而壁画中的故事就是关于贤者之石最著名的传说，人类先祖之一的该隐使用贤者之石中强大的力量让神都受了伤。由此之后的研究和传说都无意识的加深了贤者之石拥有强大力量的说法。随着魔法文明的兴盛，贤者之石就被外界形容成拥有无限魔力的神奇结晶。事实上在教会的研究中，贤者之石一直被认为是禁忌之石，因为在神教的圣典中有非常明确的记载，“义人偷食了智慧果，神剥夺其义人之身，将其赶出伊甸园，其为吾所有人类之祖先。”
根据两个关于‘义人’的记载，贤者之石是曾经人类先祖拥有的东西，只是后来被剥夺了，所以神教曾拥有贤者之石的千年中，一直没有人试图使用贤者之石，是因为他们认为以现在人类的身份使用贤者之石是对神的亵渎。这种情况持续到了另一块传说中的石头出现——蓝色的圣石。关于圣石的记载最出名的是在一本炼金术师的日常笔记上。
“莫瑞林老师对着亡妻哭泣，他苍老的身躯佝偻着，悲伤的低语，‘为什么人会衰老，人会死亡？为什么人不能像神那样拥有不可思议的力量？我想要那种创造生命的力量！我的艾玲娜！如果我能拥有神的力量！你就不会离我而去了！’在悲伤的老师说这些的时候，教堂被蓝色的光包裹着，人们四处张望着，寻找蓝色的光源，却只发现了教堂顶端象征神之眼的蓝色宝石正散发着温暖的光辉。或许神也被莫瑞林老师的悲伤感动了吧。”
在这段笔记标注的日期上，历史上的第一个魔法诞生了，那是一个现在看来不过算是中级魔法的冰冻术，笔记中的莫瑞林在不想爱人离去的情绪下无意识的冰冻住了他所爱之人的棺木。所以传说中，炼金术师向圣石许愿，这才有了魔法师的出现。
神教在知道这件奇怪的事情后就收回了被镶嵌在那间教堂顶端的蓝色石头，于是在毫无准备的情况下，两块石头融合了。第一个碰触融合后的石头的人是当时神教的一位传教士，融合后的石头消失在了他的身体中，他留下一句话后就消失了。在他消失的一个月中，整个世界都在震动，原本散落的大陆相互撞击着连接在一起，河流被阻断，山峰被移平，大量的生物在骤变的气候和环境下死亡，包括人类。当这一切平息后世界就变成了我们现在看到的这个样子。
在那之后的人类复兴期，魔法作为新出现的事物迅速崛起。神教的学者们也终于通过那个消失了的传教士留下的话中知道了真相，那位直接导致世界变成现在这个样子的传教士在离开神教的时候说：“从今天开始，我就是这天地间唯一的义人。”
就在一百多年前，这位义人回到了神教，带回了大量的笔记和资料，然后死去了。死前的他对当时的教皇说，“在找到生命树前，不可融合义人之石。”为了保证这一点，他自己强行分裂了身体中的义人之石，红色石头留在了神教，蓝色的石头被抛出，消失在大陆的某处。
从那以后，神教就在研究万全的重新融合义人之石的方法。根据那位已经死去的义人的笔记，他在自己活着的一千多年里无时无刻不在躲避着神的追捕，始终没有找到生命之树的他明白自己一定会被被神抹杀，所以他选择了放弃，把机会留给其他人，于是他回到神教。随着炼金术在生体练成上的发展，教会看到了比寻找生命树更有希望的方法，于是神教联合炼金术协会开始不死身体的研究，神教又共享了一部分义人对圣石的研究拉着魔法协会加入进来。于是这三个大陆上最大的非政权组织联手开始了义人计划。
艾利作为著名的生体练成专家也加入这个计划，但是艾利并不希望义人再次出现在这个世界上，所以艾利偷走了贤者之石，开始了毁掉贤者之石的行动。李维并不认为义人有什么危险的，上一次的义人出现虽然导致了大陆格局的改变，但也因为这样的原因，魔法才能有飞速的发展。如果这一次义人出现，说不定大陆上就会有新的东西强大起来，这不一定是坏事。
艾利赞同李维保持乐观的心态，但是他仍然坚持自己的目标。
“圣典上记载神创造了万物，最后神觉得需要一个像自己一样的生命来管理万物，于是神照着自己创造了一个新的生命，也就是说神创造了另一个神，为了不让新出生的神做自己不想它做的事情，神分离了新神的永恒的生命和学习的能力分别化作生命树和智慧树。神做完这一切后称这个创造出来的生命为义人，就是完全的人的意思，直到人吃掉了智慧果，重新获得了学习的能力，离神只差永恒的生命。神在义人刚刚获得智慧还没有发现永恒的生命的时候就剥落了人的义人之体并把人流放到永远碰不到生命树的地方。李维，用用你那智慧吧，神并不是什么大方的人物，终归我们这个世界史他创造的，毁灭对他来说也不是什么难事！”
“有道理。”李维表示同意艾利的想法，接着问，“贤者之石和圣石的到底是干什么的？”（未完待续）